細菌總數是指水樣在營養瓊脂培養基中，于37℃經24h培養后，所生長的細菌菌落的總數。

水中通常存在的細菌大致可分為三類：

天然水中存在的細菌。普通的是熒光假單孢桿菌、綠膿桿菌，一般認為這類細菌對健康人體是非致病的。

土壤細菌。當洪水時期或大雨后地表水中較多。它們在水中生存的時間不長，在水處理過程中容易被去除。腐蝕水管的鐵細菌和硫細菌也屬此類。

腸道細菌。它們生存在溫血動物的腸道中，故糞便中大量存在。水體中發現這類細菌，可以認為已受到糞便的污染。致病性腸道細菌有沙門氏桿菌(傷寒和副傷寒菌)、B型炭疽菌、痢疾志賀氏菌和霍亂弧菌等。

菌落總數就是指在一定條件下(如需氧情況、營養條件、pH、培養溫度和時間等)每克(每毫升)檢樣所生長出來的細菌菌落總數。按國家標準方法規定，即在需氧情況下，37℃培養48h，能在普通營養瓊脂平板上生長的細菌菌落總數，所以厭氧或微需氧菌、有特殊營養要求的以及非嗜中溫的細菌，由于現有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數并不表示實際中的所有細菌總數，菌落總數并不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數，需氧菌數等。

菌落總數測定是用來判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，它反映食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。菌落總數的多少在一定程度上標志著食品衛生質量的優劣。

菌落總數危害

食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。

但需要強調的是，菌落總數和致病菌有本質區別，菌落總數包括致病菌和有益菌，對人體有損害的主要是其中的致病菌，這些病菌會破壞腸道里正常的菌落環境，一部分可能在腸道被殺滅，一部分會留在身體里引起腹瀉、損傷肝臟等身體器官，而有益菌包括酸奶中常被提起的乳酸菌等。但菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。

細菌總數與菌落總數從以下幾個方面進行區分：

概念不同：菌落總數指的是在一定的條件下，經過一段的時間孫衫培養，所形成的能夠被肉眼看到的菌落個數。細菌總數是指ml水樣在營養瓊脂培養基中，于37℃經24h培養后，所生長的細菌菌落的總數。

性質不同：并不是首叢所有的細菌都能長出菌落，而且兩個距離很近并且相同的細菌也只能形成一個菌落。

種類不同：細菌分為異養細菌和自養細菌。菌落總數包括致病菌和有益菌。